南京市医管委由市长、分管副市长、副秘书长，市组织、编办、发改、卫计、财政、人社、物价、审计、食药监主要领导，市人大代表、政协委员各1人，市民代表2人，公立医院有关专家代表2人组成，共18人。
在行政管理方式上，南京市卫计委从直接管理公立医院转为行业管理，其他相关行政部门不再直接管理公立医院微观事务，而是综合运用实地核查、备案管理、财务审计、价格检查、年度报告公开、信用管理、推行领导职数预审相关制度等多种方式，加强对公立医院运行、财务资产、人力资源配备和医疗服务费用等方面的监督监管。同时，建立激励约束机制，定期组织公立医院绩效考核以及院长年度和任期目标责任考核，考核结果向社会公开，并与医院财政补助、医保支付、工资总额以及院长薪酬、任免、奖惩等挂钩。
落实自主权的同时，公立医院受到的监管也更加严格。医院信息将进一步透明化，在建立定期公示制度，运用信息系统采集数据，重点公开财务状况、绩效考核、质量安全、价格和医疗费用等信息的基础上，公立医院实行法人年度工作报告公开制度和重大信息定期每年向社会公布制度。未来，我市还将发挥医疗行业协会、学会等社会组织作用，加强行业自律、监督和职业道德建设，引导医疗机构依法经营、严格自律，并探索对公立医院进行第三方专业机构评价，强化社会监督。
卫生部门负责人不得兼任公立医院领导
建立公立医院法人治理机构是此次改革的重点。通过体制改革，我市将适时取消公立医院行政级别，卫生部门负责人不得兼任公立医院领导职务。
健全院长选拔任用制度，推进职业化建设，实行院长任期目标责任考核和问责制。同时实行公立医院总会计师派出制，总会计师由市医管委委派，院长和总会计师对市医管委负责。
在人事管理、内部分配、运营管理方面，公立医院将拥有自主权。
公立医院年度工作报告和重大信息需向社会公布
在实际管理中，由市医管委制定公立医院绩效评价体系，突出功能定位、职责履行、费用控制、运行绩效、财务管理、成本控制和社会满意度等考核指标。破除公立医院逐利机制，建立以公益性为导向的考核评价机制。
医管委履行政府办医职能
南京市公立医院管理体制改革的范围限定为市、区两级公立医院。南京市政府将成立南京市政府公立医院管理委员会(简称“南京市医管委”)，履行政府办医职能，主要负责研究决定同级公立医院的设置规模、发展规划、重大项目实施、财政投入、运行监管、绩效考核等重大问题。记者注意到，南京市市长任市医管委主任，分管副市长任市医管委副主任。南京市医管委办公室设在南京市卫计委，对外挂牌，承担南京市医管委日常工作，并负责推动南京市医管委决策在公立医院的高效执行，将南京市卫计委原有的涉及公立医院人力资源、财务、绩效评估等职能集中，设立相应处室，履行相关职能。南京市卫计委主要领导兼任医管办主任。
适时取消公立医院行政级别
南京市医管委作为南京市属所有公立医院法人治理结构的决策层，负责重大决策和监督运行。公立医院院长及领导班子是执行层，负责公立医院日常管理，并对南京市医管委负责。健全院长选拔任用制度，实行院长任期目标责任考核和问责制;适时取消公立医院行政级别，卫生部门负责人不得兼任公立医院领导。
卫计委不再直管公立医院
各行政区分别成立区政府公立医院管理委员会，设置标准参照南京市医管委执行。意见明确，今后南京市卫计委从直接管理公立医院转为行业管理，强化政策法规、标准规范的制定和监督指导职责。根据改革时间表，这一些列的试点工作将于年底前完成。
医院考核将以公益性为导向
意见明确，建立以公益性为导向的考核评价机制。市医管委制定公立医院绩效评价体系，突出功能定位、职责履行、费用控制、运行绩效和社会满意度等考核指标。市医管办会同相关部门定期组织公立医院绩效考核以及院长年度和任期目标责任考核，考核结果向社会公开，并与医院财政补助、医保支付、工资总额以及院长薪酬、任免、奖惩等挂钩，建立激励约束机制。
