根据《实施细则》规定，社会办三级医院将可享受基本医疗服务补贴、市级医学重点学科补助、上缴企业所得税财政奖励、三级医院等级评审资质奖励和新增基本医疗服务床位奖励共5个财政补助项目。
符合要求的社会办医院可以申请基本医疗服务补贴，门急诊按照20元/人次、住院按照60元/床日计算，康复、儿科类别专科医院分别按照1.1倍、1.3倍的标准计算。
在市级医学重点学科补助方面，社会办医院经市级卫生行政部门评审获得市级医学重点学科资格，在建设周期内纳入全市医学重点学科绩效考评体系，市财政按每年每学科70万元标准核拨补助，由市卫生计生委按有关办法进行考评和分配经费。
在上缴企业所得税财政奖励方面，社会办医院上一年度已经缴纳企业所得税的，可按照实际缴纳企业所得税总额的40%予以奖励。
在三级医院等级评审资质奖励方面，社会办医院在取得三级医院资格后第一或第二评审周期内，经卫生行政部门评审并获得三级甲等和三级乙等资质的，分别给予2000万元、1000万元的一次性奖励。
在新增基本医疗服务床位奖励方面，社会办医院取得三级医院资格，可以申请一次性基本医疗服务床位奖励，标准为每床位10万元。社会资本投资新建的三级医院可申请核定的基本医疗服务床位奖励;改扩建社会办三级医院仅对其新增基本医疗服务床位予以奖励，对存量部分不予追溯。
《实施细则》还对社会办医院“承诺提供不低于50%的基本医疗服务”提出了具体的判断标准，包括医院申报并书面承诺门急诊服务和住院服务量中，基本医疗服务量不低于50%;基本医疗服务项目收费标准不高于深圳同级政府办医疗机构的医疗服务收费标准;提供基本医疗服务床位数占医院全部床位数的50%以上，且有独立区域，可单独识别;核算期内，提供基本医疗服务床位的出院人次占医院全部出院人次的比例不低于50%;核算期内，医院总病床使用率大于60%。落实情况由深圳市卫生计生委核准。
