尽管如此，中药注射剂仍存在很多不足。质量问题是中药注射剂头号难题。众所周知，中药成分复杂，杂志较多，有效成分不明确。大部分产品是中药综合成分的提取物，未知成分的比例较大。很大程度的影响了制剂的疗效和安全性。很多成分口服吸收没有一点问题，若进入血液就可能引起严重的不良反应，甚至还会造成机体损伤。其次，中药注射剂质量不稳定。蛋白质、鞣制、树脂等难以除去。放置一段时间会出现变色、浑浊、沉淀等现象，影响正常使用。
除了质量问题。中药注射剂目前的标准较低，与国际水平相差甚远;中药注射剂的生产工艺不够先进，还是较多的依靠传统的炮制工艺;药材原材料质量不稳定。中药材质量常受到栽培技术、产地、环境、储存等的影响。不同的产地、炮制技术，药材的有效成分含量都不一样。中药材质量不稳定直接影响到了注射剂的疗效和安全性。
因此，中国中药注射剂的发展任务还非常艰难。
接下去中药注射剂想取得突破性的进展必须做到这几方面。首先，从源头抓起，保证中药原材料的质量。成立专门的中药材种植基地，合理规划种植中药材，引进新进的炮制技术，保证中药材质量的稳定，均匀。其次，改进技术，完善质量标准。加大投入，引进人才，研发新的技术，让生产更科学，规范，标准化。使生产工艺，质量检验，质量管理更系统，更完善。最后，加快完整GAP，强化管理中药注射剂的质量，生产过程严格执行标准，使生产规范化。这样才能保证中药注射剂安全、稳定、有效、均一。
